Od podzimu roku 2012 je v provozu nový Přírodovědný studijní depozitář. Tematicky je zaměřen na přírodu Ústeckého kraje. Představeny jsou hlavní dílčí oblasti vycházející z geologické stavby území – Šluknovsko (lužický žulový masiv), Krušné hory (krušnohorské krystalinikum), Labské pískovce (česká křídová pánev), České středohoří (vulkanity) a Severočeské pánve (třetihorní sedimenty, uhlí) a samostatnou skupinu pak tvoří čtvrtohorní pokryvné uloženiny.
Vystaveny jsou zde sbírkové předměty z našeho muzea - vzorky z geologických sbírek (typické horniny, minerály a zkameněliny) doplněné o charakteristickou faunu a flóru jednotlivých oblastí. Příkladem mohou být běžní zástupci hmyzu (brouci či denní motýli), vycpané exempláře ptáků, hlodavců, plazů, a mnohé další zajímavosti. K prohlédnutí je zde i dioráma ztvárňující mohutné suťovisko u obce Dolní Zálezly s pohledem do kaňonu řeky Labe protékající Českým středohořím.
Studijní depozitář není (vzhledem ke svému umístění) součástí stále otevřených výstavních prostor. Prostor slouží hlavně školákům k interaktivním programům, které zajišťuje oddělení muzejní pedagogiky (jako doplněk běžného učiva přírodopisu). Depozitář má kapacitu 25 až 30 míst k sezení.
Běžná veřejnost ho může navštívit při různých akcích (např. strašidla, muzejní noc, ad.), prohlídka je možná po předchozím objednání. Místnost je průběžně využívána také pro pořádání tematických seminářů či workshopů.
